2019年12月末，新冠肺炎疫情爆发，对我国经济发展、行业生产及人民生活形成较大冲击。目前全国疫情防控形势持续向好、生产生活秩序加快恢复的态势不断巩固和拓展，统筹推进疫情防控和经济社会发展工作取得积极成效。但是，我们也面临着不少新情况新问题，特别是境外疫情扩散蔓延及其对世界经济产生不利影响，也给我国疫情防控和经济发展带来新的挑战。港口作为运输战略物资的重要交通领域，同样受到一定影响。
春节前是我国生产制造企业出口货物的集中期，各集装箱港口堆场利用率较高，往往造成集装箱压港、疏港道路拥堵等现象，生产作业繁忙。疫情发生后，2020年1月27日，交通运输部发布《关于做好应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情物资运输保障工作的通知》表示：对于执行紧急运输任务的船舶要合理安排所需锚地和进出港时间窗口，优先办理相关手续，统筹制定现场监管计划，提高船舶进出港效率。国内沿海各大港口也纷纷开启港口绿色通道，通过合理规划窗口，调整船舶靠泊计划，安排载有抗疫救援物资的船舶提前靠泊，配合海关直放和货主直提操作，保供医用防护原料，支援抗疫前线。国内沿海各大港口集装箱装卸操作主要是受到疫情期间道路运输车辆、集卡司机停工等情况影响，待疫情平稳及下降后，前期由于靠泊和装卸计划调整所造成的集装箱堆存积压，道路运输车辆的恢复运营、制造企业复工所引起的集装箱进出口需求增加，预计短期内将会在短期内对港口生产活动造成较大压力。
目前，我国加快推动各个行业的恢复生产，积极推进重点工程建设，各项经济活动逐步恢复正常，港口的生产也将回归正常轨道。2020年1季度，我国港口货物吞吐量与2019年同期相比，增速出现明显下滑，甚至出现零增长或负增长。
预计2020年2季度，港口生产逐步恢复，货物吞吐量逐步回升、2020年下半年恢复到基本趋势水平。而邮轮客运属于港口客运生产环节，受疫情影响较大，且近年来邮轮客运市场本身处于调整期，因此预计短期内难以恢复。
预计疫情对港口长期生产影响有限。新冠肺炎疫情属于重大突发事件，不会改变我国港口生产平稳的长期态势。在目前全球新冠肺炎疫情爆发的大背景下，外贸出口集装箱吞吐量的影响可能较大，考虑到贸易链条传导等因素，影响周期也会更长。疫情对港口生产长期有限是因为，2020年是我国“十三五”规划的最后一年，我国将集中发力完成经济目标，疫情过后，我国将加强逆周期调节、恢复经济。此外，随着我国现代化强国建设进程加快推进，共建“一带一路”深入实施，我国港口能源原材料大宗物资运输需求仍将维持高位运行，油品、集装箱等货类运输需求继续保持稳步增长。预计“十四五”期，我国港口货物吞吐量仍将继续在结构不断优化的基础上，保持增长，年均增速在2.5%左右。邮轮客运在经历市场调整和不断成熟后，仍具有很大的发展潜力。
总体来看，新冠肺炎疫情对我国港口生产的影响具有明显的短期性特征。预计随着疫情结束，经短暂的消化库存，港口生产会较快恢复。
目前，我国港口发展已经从追求数量、规模向转型升级、提质增效等高质量发展阶段迈进，港口吞吐量基数大、增速低、港口能力供给充足，更倾向于软实力的提升，尤其是受新冠肺炎疫情影响，更应拓展平安港口、智慧港口的内涵。
自动化码头是智慧港口建设的核心之一，但目前自动化码头主要集中在码头前沿装卸、水平运输环节的流程自动化、无人化，与之相关的后台管理、辅助支持等活动仍然依赖传统办公模式。此外，国内港口企业多为综合性、集团化经营模式，涉及代理、物流、商品贸易等各个领域，其在经营活动中的会议决策、管理活动、业务沟通等仍依赖于人员聚集形式。随着5G技术的应用，远程办公技术条件逐渐成熟，港口企业可借此机会，在码头自动化、单证电子化等成熟经验的基础上，探索远程办公管理模式，通过技术手段降低企业沟通成本、培训成本，丰富智慧港口内涵。
2020年，作为“十三五”规划的收官之年，我国较大概率以基建投资带动经济增长，此外，交通运输部拟完成年度公路水路1.8万亿投资目标任务，然而目前境外疫情形势严峻，我国将加大内河水运投资，尤其是水系连通性重大工程，更是未来水路投资的重点方向。为构建“通江达海、干支衔接”的高等级航道网络，交通运输部将京杭运河黄河以北段复航、湘桂运河、赣粤运河、平陆运河等跨区域跨流域水系连通（畅通）纳入全国内河航道与港口布局规划中。内河水运迎来发展机遇。